アニメ とある魔術の禁書目録は大して面白くないのに人気高いんですか？
２期が１０月から始まるらしいけど、予想通りヲタが騒いでますね。
俺は禁書目録も超電磁砲も見ましたが、周り騒ぐほど面白いとは思いませんでした。
人気だから見てるって感じです。評価するなら曲だけです。
更に言うと、使うのは武器だけで肉弾戦がほとんどなく、戦ってるのは中学性なんてエロゲと間違いそうですね。
けいおんも消えるし秋はこのアニメが１番人気で決定ですね(笑)
俺はもっとＴＯＬＯＶＥるの方が楽しみですが。
主観的感想が主な情報＝論理的ではない質問であり，その回答が論理的ではないのは質問のレベルとマッチングしているだけなので仕方ないと思いますよ．売り言葉に買い言葉というものです．
作品に魅力は存在しないを前提とした質問から作品の魅力を探すのは難しいのではないかと思われます．
主な読者層の分布に関しては日経エンタテインメント!調べによると20代前半男性です．
まずこの作品はそもそも一般受けするタイプのものではないと思います．スピンオフの超電磁砲は少年漫画的な超能力バトル作品ではあるものの登場キャラのほとんどが女性という点がライトノベル的特徴だと思います．自分の場合はその点が感情移入できませんでしたが．一方，禁書目録のほうは設定がオカルトなのでそれだけでマニアックな部類だと思います．
矛盾に関してはアニメ化に伴う演出があると思われます．よくあるのはレールガンなのにレールが無いという点で，当初は髪の毛でレールをつくるという設定でしたが何より見た目が悪い．フィクションということでレールが無くても電磁誘導を利用できる設定などがあります．しかし，作品にとって演出というのは物理的事象よりも優先されることのほうが多いものと思います．そこは演出の好みであり，つまらなければご都合主義です．ですが，手法としてはデウスエクスマキナみたいなものが昔からあるので好みであれば矛盾も気にならないでしょう．
結論としては主題が作品の好みということで，好き嫌いのレッテルをつくる必要はないと思われます．ストーリー好きがアクションを評価したら低くなるのと同様に，矛盾が嫌いな方がファンタジーを読んで評価が低いのは当然です．
ちなみに自分は超電磁砲はダメでしたが，禁書はオカルトなので言葉の意味やモデルになった人物，事件，逸話など考察するのは楽しめましたよ．